Bölümde aşağıdaki bilgisayar donanımları bulunmaktadır:

• Yüksek Başarımlı Bilgisayar Sistemi: 32 işlemcili, işlemciler 2.4 GHz Intel Xeon Processor ve her işlemci için 1 GB RAM hafıza
• Silicon Graphics İş İstasyonu: 500 MHz hızda SGI işlemci ve 512 MB RAM hafıza
• IBM İş İstasyonu: 1.6 GHz Intel Xeon İşlemci ve 512 MB RAM hafıza

MD simülasyonları Yüksek Başarımlı Bilgisayar sistemimizde yapılıyor. Silicon Graphics iş istasyonunda kristal yapısı ile ilgili analizler yapılıyor. IBM İş İstasyonunda ise iLibDiverse kullanılıyor.
Bölümde ayrıca aşaşıgaki yazılım paketleri bulunmaktadır:

• NAMD (Akademik lisansla kullanılıyor).
• iLibDiverse (Satın alındı)
• AUTODOCK (Akedemik lisansla kullanılıyor).